Betere Dingen

| 11-01-2007 14:24Wetenschappelijk publiceren

Wetenschap bedrijven kan enorm duur zijn. Uitrusting, laboratoria, proefpersonen en ondersteunend personeel vragen de nodige middelen maar ook software kan prijzig zijn omdat het volstrekt betrouwbaar moet zijn en dus heel goed getest, terwijl er maar een kleine markt voor is. Vandaag beschrijf ik een set software paketten waarmee een volledige wetenschappelijk publicatie te maken is. Veel van wat ik hier opnoem staat ook al op de downloads-page. Onder Ubuntu Linux werkt alles het makkelijkst, maar met Windows is het ook prima te doen.

Als eerste moet er een experiment gedraaid worden en data verzameld. Voor mijn eigen vakgebied zijn er een paar open-source pakketjes, er is er bij mijn weten echter maar 1 die in een linux repository opgenomen is en dat is PyEPL: Python Experiment Programming Language. Hierna moet de data verwerkt en geanalyseerd worden en moeten er mooie plaatjes gemaakt worden. Dat kan met MatPlotLib. Deze beide pakketten gebruiken de programmeertaal Python met de rekenkundige uitbreiding NumPy. Voor het gebruik van NumPy en MatPlotLib is er een uitgebreid "Cookbook". Het prettige van deze constructie is dat alles via Python geprogrammeerd kan worden, je hoeft dus maar één taal te kennen. Onder Ubuntu Linux worden Python en de pakketten die ik hier noem ook nog eens heel makkelijk geïnstalleerd door ze aan te klikken in de lijst met beschikbare software.

Wanneer je je grafieken exporteert als .EPS of als .SVG dan kun je ze met respectievelijk GSView of InkScape openen voor verdere verfraaiingen. In combinatie met pstoedit kan GSView ook grafieken naar PDF exporteren. Op Linux gebruik je natuurlijk het commando ps2pdf en het kan ook on-line via deze website: http://www.ps2pdf.com/convert/index.htm. (Bitmaps kun je natuurlijk met GIMP bewerken.)

Na het analyseren van de data moet er een mooie tekst geschreven worden. Hiervoor kan uiteraard OpenOffice.org gebruikt worden en daarin zit een methode om een referentielijst bij te houden voor al je prachtige bronvermeldingen. Je kunt zelfs een algemene bronnenlijst bijhouden en voor elk document daar een deel uit gebruiken. Je kunt de bronnenlijst ook exporteren naar een spread-sheet. Het is fantastisch. Voor ouderwetse lieden die liever TeX gebruiken zijn er een paar interessante pakketten. Een betrouwbare Tex-editor voor Windows is MikTex en een grafische (!) Tex-editor, die ook voor Windows beschikbaar is, is Lyx. In beide Tex-pakketten zijn bibtex bronnenlijsten te gebruiken en die zijn weer prima bij te houden met JabRef.

Als je tekst klaar is kun je hem uitvoeren naar PDF formaat via PDFCreator (de PDF uitvoer van OpenOffice.org zelf levert niet altijd de mooiste plaatjes op, zeker niet wanneer je een vector-based formaat zoals EPS gebruikt). Stel je hogere eisen aan lay-out en vormgeving, dan heb je misschien belang bij een DTP-omgeving, hiervoor kan ik Scribus aanraden.

Tot slot wil je je artikel natuurlijk publiceren en het liefst wil je zo veel mogelijk gelezen worden. Dat kan door bijvoorbeeld te publiceren bij een tijdschrift dat Science Commons gebruikt. Er zijn ook enkele tijdschriften die gedeeltes van hun archief gratis beschikbaar stellen, zoals het Journal of Neurophysiology of Cortex. Het vervelende is alleen dat recente artikelen meestal niet gratis zijn en er soms ook geen touw aan vast te knopen is welke oude artikelen wel gratis zijn. Ook bij Elsevier zijn er tijdschriften die een paar artikelen gratis downloadbaar hebben, maar dat blijft bij enkele preview issues (zoals deze). Veel van de artikelen zijn wel op de website te lezen.

Software:

Websites:


En voor de lol:

(optional field)
(optional field)

Comment moderation is enabled on this site. This means that your comment will not be visible until it has been approved by an editor.

Remember personal info?
Small print: All html tags except <b> and <i> will be removed from your comment. You can make links by just typing the url or mail-address.